Montaje CNC, calibrar ejes configuración y software

Estos días haciendo pruebas con las distintas fresas que tengo, y con los distintos materiales, me ha surgido una duda, las coordenadas 0,0,0 a donde están referidas, al centro de la fresa? O la fresa,esta fuera, otra duda que tengo,es el cambio de herramienta, como hacéis para colocar la fresa a la misma altura que la anterior?