Danke für den Tip, Udo. Habe ich gleich gemacht.
Das Problem liegt wohl daran, daß die IDE zum Brennen das Programm "C:\Programme\Arduino\hardware/tools/avr/bin/avrdude.exe" aufruft. Dieses ist nur 9kB groß und startet die besagte Dialogbox (wohl durch Aufruf von avrdudefix.exe). Wenn man statt "avrdude.exe" das Programm "avrdude2.exe" mit der gleichen Kommandozeile startet, dann wird prima gebrannt. Die Datei "avrdude2.exe" ist übrigens identisch mit der eigentlichen Datei "avrdude.exe", wie sie z.B. mit WinAVR installiert wird. Sie wurde von den Entwicklern der IDE wohl einfach nur umbenannt, damit das eigene Programm gestartet werden kann, und jetzt nicht mehr gefunden.
Daß es mit meinen anderen Brennprogrammen funktioniert, liegt einfach daran, daß die eine Kopie von "avrdude.exe" finden und benutzen, die sich im Verzeichnis von WinAVR befindet, das auf meinem Rechner ebenfalls installiert ist.
Wie kann ich der IDE beibringen, daß sie bitteschön zum Brennen "avrdude2.exe" aufrufen soll, wie es sich gehört?
Das zweite Problem war mit dem Tracing des Compilierlaufes nicht zu lösen, allenfalls habe ich die Bestätigung für die von mir oben beschriebene Verwendung der Inhaltsverzeichnisse gefunden. Mein Wunsch wäre es ja, die hier aufgerufenen Kommandozeilen nicht nur zu verstehen (das tue ich), sondern so zu ändern, daß sie das tun, was ich gerne hätte, nämlich die Outputfiles des Compilers (HEX, EEP, ELF, ..) direkt neben meinen Quellcode (*.INO) zu schreiben.
Normalerweise stehen solche Kommandozeilen irgendwo in einem Make-File oder Batch-File oder so, wo man dran herumspielen kann ... ich habe es aber nicht gefunden ... =(
Nett, das Du die Gelegenheit nutzt, um Werbung für Dein Buch zu machen, das hilft mir aber gerade nicht WIRKLICH weiter. 
Gruß
Late_night
(ganz gegen meine Gewohnheiten tagsüber)