@Paolo:
il procedimento è giusto, varia comunque in base a come vuoi usare il microcontrollore. Se metti un chip in standalone normalmente il bootloader non si usa, perché con la tecnica ISP puoi programmarlo direttamente, senza bootloader. Info le trovi nella guida del Menniti, è stata scritta inizialmente per programmare un Atmega328 ma i principi valgono per tutti i micro. L'idea di base è quella di usare lo sketch Arduino ISP come emulatore di un programmatore e collegare i pin D10/D11/D12/D13 dell'Arduino programmatore alle linee RESET/MOSI/MISO/SCK del chip di destinazione. MOSI/MISO/SCK sono le 3 linee della comunicazione SPI e le trovi nel datasheet, variano come corrispondenza da micro a micro.
Attenzione ad una cosa: se stai usando l'IDE 1.0.1 devi usare il pacchetto 644_1284 in versione 1.0.1! La versione 1.0.2 è per l'IDE 1.0.2 (e 1.0.3). Sono diversi perché nell'IDE 1.0.1 il supporto per il 644/1284 era incompleto e dovevano essere sostituiti 3 file del core dell'IDE.