No sé si te acordarás en aquello de pic vs atmel. Bien esto es una de las cosas que me gusta de atmel.
MCU para estado de baterias LiON http://www.atmel.com/products/microcontrollers/avr/battery_management.aspx
Puede que esto también te ayude. http://www.atmel.com/Images/article_li-ion_batteries.pdf
ANOTACION IMPORTANTE: no tengo ni ida sobre el tema del manejo de baterias. Y de electrónica poco. Pero
igual leyendo se aprende 
Sobre el tema de LCD tft te pase un enlace de ladyada... ese no te vale ?