Si può fare, entro i limiti di area del pcb della versione free, però è necessario diversificare i nomi delle net per le alimentazioni, p.e. per GND una cosa del tipo GND1, GND2, GND3, etc., cosa già prevista nella libreria supply2 dove trovi le varie alimentazioni già con i nomi differenziati, idem per tutte le net che hanno nomi comuni.
Tieni presente che in fase produttiva è la norma avere più pcb diversi sullo stesso master, si chiama pannellizzazione e permette di inserire più pcb, tutti uguali oppure diversi in un quadrotto, le dimensioni di quest'ultimo dipendono dagli standard operativi del service.