Pequeño problema con puerto serie

Prueba a cambiar esta parte:

if (Serial.read()== '1')
  {
    digitalWrite(13,HIGH);
  }
  else if (Serial.read()== '2')
  {
     digitalWrite(13,LOW);
   }

por esta otra:

while (Serial.available()){
  byte dato = Serial.read();
  switch (dato){
    case '1':
      digitalWrite(13,HIGH);
      break;
    case '2':
      digitalWrite(13,LOW);
      break;
  }
}

No creo que cambie mucho la cosa, pero por probar...