Actuar um motor DC directamente do arduino pode causar isto.... Pode até queimar o arduino. Não tens um transistor ou algo do género?
O mesmo se aplica ao sensor... U divisor de tensão não é ideal e pode queimar o arduino.
Acerca de carregar a bateria, depende do lado onde ligas o carregador... Mais uma vez deveria estar isolado do arduino e apenas medirias a tensão da bateria a subir.
É provável que o programa tenha algum problema de cálculo, mas eu não vi e não simulei.
Quanto ao LCD Clear, se escreveres 999 e depois escreveres 10 sem fazeres um lcd.clear, vais ver 109. Isto pode explicar o teu problema, mais acima eu pedi exemplos dos numeros precisamente para avaliar se seria algo assim.
Sempre que vais actualizar o lcd, limpas o lcd e actualizas tudo ao mesmo tempo... Não é muito dificil de fazer.