Der Code muss in der IDE kompiliert und in den Arduino geladen werden, er wird dort nichtflüchtig gespeichert und steht zur Nutzung zur Verfügung.
Das bedeutet, er startet auch, wenn keine Verbindung zum PC besteht.
Die Verbindung zum PC wird als serielle Verbindung auf einem COM-Port etabliert. Über diese Verbindung kann mit einem laufenden Arduino-Sketch komuniziert werden, also Ausgaben angezeigt oder auch Werte zum Arduino übertragen werden. Darüber lässt sich dann auch ein Arduino-Sketch steuern.
Liebe Grüße
Dirk