gptxever:
leo buone notizie:).... ho fatto qualche test e sono arrivato a queste conclusioni:
Ottimo 
scopro che:
i canali di cui viene modificata la frequenza del PWM sono solo: 6,7,8,9.
Il SAM3X è un chip molto complesso. Bisognerebbe guardarsi tutto il core e capire cos'è supportato e cosa no. Non hai idea delle periferiche che integra, e se parliamo solo di timer ce ne sono almeno 4 o 5 differenti (RTC, SysTick, Watchdog, Pwm, RTT).
nel void setup() necessita l'istruzione
analogWrite(pin_uscita, valore PWM);e rispettivamente prima di
PWMC_ConfigureClocks(500 * PWM_MAX_DUTY_CYCLE , 0, VARIANT_MCK);ma non saprei dire il motivo (forse xke riconosce l'out come abilitato o inizializzato, o una roba del genere penso)..
Forse perché nel core c'è qualche altra inizializzazione che non ho visto e che l'analogWrite richiama.