Desarrollo de Soft para control de Fresadora CNC

Estoy haciendo la prueba tal como dices, y voy explicando mejor.
Ahora mismo el arduino tiene la versión del firmware de fm que has puesto junto al programa (sin modificar por mi).
ventana del log:

ÿ
ok
ok
ok
Enviado G1 X-1.0 F1500
ok
Enviado G1 X-11.0
ok
Enviado G1 Y10.0
ok

En la pestaña de información, tal como dices. La información del firmware y el conectado en verde.

Ahora con el ide 1.0 he realizado estos cambios, ni siquiera he guardado el archivo, solo lo he cargado en el arduino.

// X axis configuration
#define X_STEP_PIN      2  // Step control PIN.
#define X_DIR_PIN       5  // Direction control PIN.
#define X_MIN_PIN       9  // min detection switch PIN
#define X_MAX_PIN       9  // max detection switch PIN
#define X_ENABLE_PIN    8 // Driver enable pin

// Y axis configuration
#define Y_STEP_PIN      3  // Step control PIN.
#define Y_DIR_PIN       6  // Direction control PIN.
#define Y_MIN_PIN       10  // min detection switch PIN
#define Y_MAX_PIN       10  // max detection switch PIN
#define Y_ENABLE_PIN    8 // Driver enable pin

// Z axis configuration
#define Z_STEP_PIN      4  // Step control PIN.
#define Z_DIR_PIN       7 // Direction control PIN.
#define Z_MIN_PIN       11  // min detection switch PIN
#define Z_MAX_PIN       11  // max detection switch PIN
#define Z_ENABLE_PIN    8 // Driver enable pin


#define MOTOR_PIN       12 // Spindle motor control pin
#define FAN_PIN         A0    // Fan control pin
#define LCD_BL_PIN      A1 // LCD backlight control pin

He ejecutado el programa, le doy a conectar y ahí se queda bloqueado. El interruptor no se pone en verde y no puedo acceder a ninguna de las pestañas, de hecho tengo que irme al administrador de tareas para poder cerrar el programa ya que no me deja ni cerrarlo.
He intentado volver a cargar el firmware sin modificar (con tu programa colgado), pero el ide me dice que el com4 (en mi caso) está en uso, se queda pillado en el inicio de comunicación con el arduino, y luego con el firmware sin tocar va bien... no lo entiendo, ¿solo por cambiar los pins?.

Espero que te sirva para algo y ver donde está el problema.