personnellement, par prudence (excès de prudence parfois) , j'enlèverai le serial.println() de l'ISR pour que le traitement de cette routine soit la plus courte possible. je préfère ne laisser que ce qui est urgent et indispensable. Quitte à lever un drapeau et faire le traitement peu après hors routine d'interruption. Tout ce qui peut attendre doit attendre. un serial.println() c'est pas si urgent que ça... Tu a en plus deux sources d'interruption matérielles, ça devient délicat !!
l'alim du DCF77 est coupée à la mise en veille. Est-ce que la sortie de veille (interruption watchdog) rétablit immédiatement l'alim DCF77. Si oui, est-ce que le signal DCF77 est propre ? produit-il une interruption lors d cette remise en route ?