Ogni volta che apri e chiudi il serial monitor Arduino riceve un reset, questo lo hai verificato tu con il tuo codice, quindi non usare il serial monitor, ma usa python o php se ti trovi più a tuo aggio, e non chiudere la seriale, invia i dati e mettiti in ascolto e ciò che arriva lo stampi.
Se vuoi disabilitare l'autoreset cerca nel forum, cerca l'utente Menniti e la sua guida.
Inizia da qui per l'autoreset http://arduino.cc/forum/index.php/topic,155190.0.html
Ciao.