Muy buenas 
Como os prometí, voy a comentaros la solución a la que he llegado. Al final no he modificado las librerías, sino que ha sido una solución "hardware". Simplemente (y tras muchas medidas, pruebas, etc) he "cortado" las pistas que unían las señales SDA y SCL con las resistencias de 10K en la plaquita. Lo he hecho mirando el mejor sitio con el esquema de PCB que está en la página de Arduino y tal. Ahora todo funciona bien
Como esto contado así suena "cutre", he contado todo el proceso medidas, etc.) en este post: Mindstorms, Arduino y la conexión de sensores: Solución a los problemas entre Arduino Mega 2560 y el Mindstorm
(que es del blog que estoy llevando para el proyecto).
Espero que ha alguien más le pueda ser de ayuda. De nuevo gracias chiva, y a todos los que me habéis echado una mano con esto