Quandi disegni un wire (diciamo che a livello schema è un collegamento, pista lo diventa a livello board), nel punto in cui vuoi creare un angolo retto basta dare un clic e poi cambi direzione; quando clicchi sul punsante wire in alto appaiono una serie di pulsanti "opzione" con le tipologie di direzione che vuoi usare, se selezioni la prima, quella appunto ad angolo retto, non devi fare alcuno sforzo 
I condensatori vanno benissimo, i 100nF (o 100kpF) possono essere indifferentemente in poliestere o ceramici.