Soy un novato ;), pero lo que yo hago es llamar a serial.Serial al principio del programa, así cuando quiero recoger los datos ya ha esperado el segundo de marras... o sea:
import serial
class LaClasePrincipal():
serial = serial.Serial('localización de arduino', baudios)
def init(self):
parte inicial el programa
....
def datos_arduino(self):
self.serial.read()
proceso de datos arduino
Tampoco se si es lo correcto, pero noto que el parapadeo del arduino se efectua al principio i no cuando quiero recoger los datos.
En caso de no necesitarlo siempre se puede hacer de poner el serial.Serial en otra instancia que se llame en algun momento del programa. Lo que no se es como cerrarlo :D, que tampoco estaria mal saber.