Se l'operazione è "una tantum" puoi eseguirla da riga di comando AVRDUDE, mi pare che ti abbia già scritto Leo l'opzione da usare.
EDIT: è l'opzione "-e":
-e Causes a chip erase to be executed. This will reset the contents of the flash ROM
and EEPROM to the value ‘0xff’, and clear all lock bits. Except for ATxmega
devices which can use page erase, it is basically a prerequisite command before
the flash ROM can be reprogrammed again. The only exception would be if the
new contents would exclusively cause bits to be programmed from the value ‘1’
to ‘0’. Note that in order to reprogram EERPOM cells, no explicit prior chip
erase is required since the MCU provides an auto-erase cycle in that case before
programming the cell.
però come vedi resta sempre il solito principio per cui ATMEL dice che 0=programmato e 1=non programmato, quindi per cancellazione totale si intende porre tutto a "1" e non a "0".