Wenn Du den Watchdog nur per Software startest, dann reicht es den Arduino kurz stromlos zu machen. Danach geht das wieder. Problem ist allerdings, dass der Bootloader unter Umständen zu lange braucht und dann der Watchdog zuschlägt --> d.h. statt dem gewünschten Reset mit Neustart bleibt der Arduino dann in einer "Resetschleife" hängen.
Was hast Du mit dem Watchdog vor?