Velocità del loop Mega 2560

Nel 1° caso escludi il setup delle seriali, quindi escludi check sui buffer e interrupt.
Nel 2° caso togli solo i check per verificare se ci sono byte nei buffer, quindi il guadagno prestazionale è minore dato che hai le ISR a rallentare lo sketch.

(se ho capito bene a quali porzioni di codice ti stai riferendo)