Che io sappia il php ha la possibilità di comunicare dati via seriale....ma forse dovresti crearti l'applicativo simile all'IDE all'interno della pagina php, l'IDE di arduino compila il codice in Hex prima di inviarlo all'atmega quindi dovresti prevedere anche questo...premetto che io non so com'è scritto l'IDE quindi non so quanto fondato possa essere ciò che dico....