Hallo "blauer" Gurkengräber 
Da sind nicht 2 Stabilisatoren paralellgeschaltet sondern die Lötflächen so gestaltet, daß der Spannungsstabilisator mit 2 verschiedenen Gehäußen aufgelötet werden kann. Dies ist im Schaltplan als 2 paralellgeschaltete Stabilisatoren gezeichent. Wenn Du aufmerksam das Schaltbild anschaust sind das ein MC33269ST-5.0T3 bzw ein MC33269D-5.0 .
Bezüglich der Rück-Schlag-Diode von vorhin: Bist Du sicher daß sie wirklich dahin muß?. Wenn nämlich Ue um 0,7V kleiner als Uxx wird dann entläd die Diode den Kondensator.
Der Unterschied Zwischen Kondensator und Akku ist daß der Akku die Spannung fast konstant hält bis er entladen ist und dann mit der Spannung runtergeht. Dann muß aber der Verbraucher abgeschaltet werden da bei eine Tiefentladung die meisten Akkutypen kaputtgehen.
Die Spannung des Kondensators ist proportional zu seiner Ladung und darum geht die spannung kontinuierlich runter. Das mögen nicht alle ELektonikbausteine. Der Atmega theoretisch auch nicht da bei kleinerer Betriebsspannung die Taktfrequenz erniedrigt werden muß.
Der Akku hält die Ladung durch einen chiemische Reaktion während der Kondensator die Ladung als Elektrostatisches Feld zwischen 2 Platten hält.
Kondensatoren sind sehr langlebig. Einzig Hitze und Überspannung mögen sie nicht; gepolte Elektrolytkondensatoren mögen auch keine falsche Polung der Spannung da diese die Oxidschicht die als Dielektrikum fungiert abbaut.
Goldcap (Markenname der Firma Panasonic), Supercap oder Doppelschicht-Kondensator gibt es auch für nur 2,5V oder 3,5V.
Grüße Uwe