Programar por el ISCP con pines usados?

Hola quiero hacer un circuito sin la placa Arduino pero para programar no consigo hacerlo con la comunicación serie. He conseguido programar el micro con el ISCP y una USBAtiny. La duda que tengo es si saco 6 pines para programarla puedo usar esos pines como salidas corrientes tambien. Dicho de otra manera si tengo conectado un pulsador, sensor, motor, led... a los pines que corresponden con el sck, mosi, miso... que hacen falta para la ISCP, puedo programar el scketch sin desconectar estos componentes?

La lógica me dice que no pero no lo se con seguridad. Habría alguna manera de programar el micro sin sacarlo del zócalo si todos los pines los tengo conectado a alguna entrada o salida? Gracias

En principio se podría pero tienes que aislar las salidas/entradas para no dañar los sensores o que las señales MOSI, MISO no estén cargadas.

Por ejemplo, el LED asociado al pin 13 se usa en la señal de CLK del SPI sin problemas.

Ya me perdonaras pero no tengo muy claro cuando puede ser un problema y que se necesite aislar. Cuando dices cargadas a que te refieres?
El unico ejemlo parecido que conozco son los pines serie de arduino. Para evitarme problemas procuro no usarlos y sino siempre desconecto elbluetooth antes de enviar el sketch.