Posticipo segnale d'ingresso al variare della frequenza dello stesso

Ok chiaro, ma nel codice che ho postato non mi cambia il duty cycle della forma d'onda cambiando il valore di quel registro, perchè?
E comunque se volessi fare che una volta raggiunto il conteggio, nella chiamata alla ISR addetta volessi stoppare la ripartenza del conteggio?

Perchè lui poi riparte da zero, invece io voglio che riparta solamente quando glielo dico io.