Hola Santiago.lopez
Los motores paso a paso suelen ser grandes consumidores de corriente.
Si el motor te funciona con la alimentación de arduino y con la otra no, parece en principio, que el problema es de la fuente.
¿No puedes medir con un tester la intensidad que suministra cada una de las fuentes?
¿Puedes dar algún dato de las fuentes y del motor (V,I,R)?
Saludos