Far comunicare due schede  Arduino

generare note non è difficile con arduino, ma dubito che il suono venga captato così come esce, per una serie di motivi, rumore ambientale, effetto doppler (nel caso dell'aereo), distorsione armonica data dai componenti interni usati per l'amplificazione ecc...
comunque per i toni puoi guardare qui:
http://www.gioblu.com/index.php?option=com_content&view=article&id=95:libreria-tone-e-rttl&catid=41:audio&Itemid=16