Se for erro de permissão tente executar no terminal:
sudo chmod 777 /dev/ttyS0
E depois reinicie o PC.
Eu ja tive esse problema e fazendo isso resolvel, só que no meu caso nem mostrava a porta de/ttyS0 na IDE do Arduino.
Outra é que tem que rodar sudo arduino para funcionar a IDE.
Que versão da IDE esta usando ?