Hola jvazquez.
Entiendo que capturas la trama nmea directamente en la sd tal cual te llega del gps, y que esto lo haces guardándolo en un array de caracteres.
Creo que HEKE cuando dice que cambies el datalogger se refiere a que reconstruyas a tu gusto la cadena de caracteres que generas antes de mandarla a la sd en otro array por ejemplo, y así la adaptas a la sintaxis que necesitas para que lo interprete correctamente.
Un saludo!
Arduteka