io credo che sbagli approccio sul concetto dei pin. se ad esempio colleghi il pin 6 ad un led e gli vari la luminosita', non e' che alteri il delay di arduino (il pin 6 fa capo al timer 0, cosi' come il delay)
quindi dire "timer 2 sulla swrtc abbinato al pin 9" e' fuorviante
per il discorso dell'overflow qui sul forum c'e' uno scienziato, un certo leo, non so se lo conosci, lui ha anche un suo sito sul quale viene spiegato come evitare il problema con una semplice operazione 