Qualquer sensor de corrente vai dar-te uma onda sinusóidal... já que é isso que a corrente faz em AC.
Não tens mesmo como escapar disso. A solução é criares uma montagem com um amplificador operacional somador para acrescentares um valor DC de forma a que o sensor embora medindo correntes negativas e positivas apenas apresente tensões positivas na entrada do Arduino.
Ou podes fazer isto:
http://openenergymonitor.org/emon/buildingblocks/ct-sensors-interface
Tens aqui outro muito interessante: