Il microcontrollore Atmel ha una memoria EEPROM al suo interno che potresti usare per salvare dei parametri di configurazione. Ma per scriverci sopra devi collegarti fisicamente al chip come per programmarlo, quindi la praticità è pari a zero.
In alternativa, potresti usare una piccola memoria EEPROM esterna da qualche centinaio di byte montata su zoccolino contenente i parametri di funzionamento del programma, che questo carica all'avvio. Per modificare tali parametri basterebbe cambiare il chip.
Oppure lo stesso funzionamento lo si può ottenere con una schedina SD su cui scrivere i parametri, ma l'uso di una scheda SD porta via diversi kB di codice.
Un'altra soluzione, se il consumo di pin non è un problema, è usare i DIP Switch che imposti su ON o OFF manualmente. Oppure semplicissimi jumper da lasciare aperti o chiusi.