Mit dem Brennen des Bootloaders hatte ich bisher keine Probleme, nutze aber überwiegend den ISP, um den Sketch direkt (also ohne Bootloader) zu übertragen.
Hast du mail mit dem AVR-Studio versucht, die Signatur des Mikrocontrollers auszulesen, wenn die Fehlermeldung "avrdude: Yikes! Invalid device signature." kommt? Wäre auf jeden Fall ganz interessant.
pylon:
Wie hattest Du denn den Arduino mit Strom versorgt, als Du die Brennversuche gestartet hast? Über USB? Hast Du's mal mit einem vernünftigen 9V-Netzteil versucht?
Mit meinem Diamex nutze ich die Spannung vom ISP, bisher problemlos. Der MKII hat diese Option nicht, das Ziel mit Spannuzng zu versorgen. da nehme ich in der Regel 5V vom USB.