Cuanta razón tienes yOPERO. Es lo malo que tiene arduino que es electrónica y programación juntos. Es tan compilcado como quieras hacerlo pues cuantas más respuestas busques más preguntas hallarás. Por ejemplo buscando info sobre USBtinyISP he acabado "descubriendo" que podriamos tener "un arduino" sin el chip ftdi. Metaboard – Metalab Wiki que además podemos convertirlo en un grabador o un dispositivo para el ordenador. Que a su vez no deja de ser el esquema de arduino en protoboard. Osea que lo unico que hay es jugar con el soft...
En resumen. Poner las ideas claras sobre la mesa y hacernos un dibujo de lo que queremos hacer es básico.
pd: si quereis ver un atmel por dentro siempre podeis hacer el siguente sketch Don't ever divide by zero on AVR atmega32! - YouTube