Con i jumpers maschio - femmina l'unico inconveniente che puoi incontrare è il groviglio di cavi... io ho deciso di cambiare i connettori proprio per questo motivo; ho avuto anche un pò di timore perchè pensavo che con l'aria calda si potevano dissaldare anche dei componenti veramente microscopici che stanno proprio sopra i connettori (non riesco a distinguere nemmeno se sono resistenze o condensatori) ma mi è andata bene.
Per i connettori il primo isolato in alto è composto da una fila di VCC e quella sotto è GND; il connettore JTAG non l'ho utilizzato nemmeno io, ne so sicuramente meno di te 
Per il connettore HV purtroppo i collegamenti sono quelli che sono, fortunatamente fin'ora l'ho usato solo per "risvegliare" gli attiny13a che hanno solo 8 pin; ho visto comunque che per collegarci l'atmega644 (40 pin) servono 20 cavi mentre per l'attiny2313 (20 pin) ne servono comunque 18 