Herzlichen Glückwunsch, das Teil bringt dir überhaupt nichts. Der USB-Chip ist nicht ausbaubar und passt außerdem nicht in so eine Fassung. Das gilt für den Leonardo genau so wie für den Uno, nur dass bei letzterem wenigstens der andere Chip, der mit dem eigentlichen Programmcode, entfernt, umprogrammiert und gewechselt werden kann (sofern es nicht die SMD-Variante ist).
Was du brauchst ist ein In-System-Programmer oder ISP. Den kannst du dir notfalls auch aus einem anderen Arduino zusammenbauen, aber der muss auf jeden Fall an die 6 ISP-Pins am rechten Rand vom Arduino angeschlossen werden können.
Und Uwe, deine Beschreibung von VID und PID stimmt auch nicht ganz. VID und PID stellen gemeinsam eine Gerätesignatur dar, die für alle gleichartigen Geräte (und manchmal auch etwas mehr) identisch ist. Der Unterschied ist lediglich, dass die VID vom USB-IF an einzelne Hersteller vergeben wird, welche dann 65536 verschiedene Gerätetypen damit herausgeben können.
DreiMalNull, wenn du soweit bist dass du eine Hex-File draufgebrannt kriegst kannst du ihn beim Schreiben einer falschen Hex-Datei auch ohne weiteres wiederherstellen, wenn er nicht mehr antwortet. Das einzige was du so kaputt machen kannst dass du den Chip mit einem Programmiergerät nicht mehr beschreiben kannst sind die Fuses, und an die solltest du bei deinen Programmieraktionen gar nicht drankommen.
Gut, streng genommen könntest du deinen Chip noch elektrisch zerstören, aber das liegt dann nicht an der falschen Hex-Datei, sondern an falschen Spannungen. Ein ordentliches Programmiergerät sollte sowas aber nicht ermöglichen, wenn du den Stecker richtig draufsteckst.