L'ultimo sketch che hai caricato, continua a funzionare? faceva parecchio uso della seriale? Se apri il monitor Seriale cosa succede? I led RX e TX lampeggiano appena colleghi la board al computer oppure solo mentre stai facendo l'upload? Tieni presente che non dovrebbero cominciare a lampeggiare appena parte la progress bar, ma solo dopo un po' (quando ha finito di compilare). L'atmega che hai sostituito lo hai inserito nel verso giusto?
Potrebbe essere veramente un problema legato al firmware dell'8u2 che รจ stato aggiornato per correggere alcuni bug. Prova ad eseguire la procedura di aggiornamento, il firmware da caricare lo trovi nella cartella ~/hardware/arduino/firmware il file giusto dovrebbe essere "UNO-dfu_and_usbserial_combined.hex" e questa la guida da seguire.