Casomai la cancellazione della EEPROM rompe le scatole nel caso nella EEPROM si siano scritti dei dati importanti, che vengono perduti.
Ecco perché ti consigliavo, nel caso, di compilare con l'IDE per crearti il firmware e poi di flasharlo usando avrdude da terminale, per evitare appunto di cancellarli.
Tornando al "perché" della cancellazione totale, non so dirti il motivo. Si era già parlato di questo ma non mi ricordo se era venuta fuori la motivazione.