Medir 1 kHz no es muy elevado.
La conexión no entiendo muy bien lo que dices.... Despues de la resistencia, debería estar entre 0 a 5V.
Es decir cable del tacometro --------> resistencia de 1 M Ohm -------> Pin 2 Arduino
Y las masas unidas.
Cuando dices que falla.... a que te refieres?