Non mi risulta. Se devo attivare un interrupt io ci scrivo 1, non 0: questo lo uso per disattivarlo.
Esempio:
TIMSK &= ~(1<<TOIE2)
Disattivo l'interrupt sull'overflow del registro TCR2 del timer 2.
Mi dici dove hai trovato il comportamento invertito? L'unico "posto" dove la logica è invertita è nei fuse, dove 0 significa "programmato" e 1 significa "non programmato".