Pour communiquer c'est par le port série.
Tu as déjà le tutorial d'Arduino pour CPP :
http://www.arduino.cc/playground/Interfacing/CPPWindows
Il faut faire attention après l'ouverture du port ça fait un reset de la carte et donc il faut attendre un peu avant de tenter de communiquer.
Aussi : si tu veux découvrir sur quel port est l'arduino : il ne faut pas ouvrir tout les ports !!! sous windows il y a une liste géré des ports série et idem sous linux (google est ton ami ;o)
A+ Teiva
www.Zartronic.fr : Arduino & Robotique