arduino mega 2560 R3 - Pin 13, 20 und 21 immer high??

tres:
wenn ich dann allerdings eine echte led an pin 13 anschließe, leuchten diese und die auf dem board nicht mehr, so wie es ja sein sollte.

Nein, das sollte so nicht sein. Hast Du einen Vorwiderstand in Reihe zum LED geschaltet? Es sollten beide leuchten. Wenn Du das LEd ohne Vorwiderstand angeschlossen hast ist es möglich (auch wenn wenig wahrscheinlich) daß das Pin kaputtgegangen ist und dauerhaft auf H liegt.

Pin die nicht explizit als Ausgänge definiert wurden sind Eingänge. Diese sind hochohmig (größer als 1MOhm) Wenn Du nun mit einem noch hochohmigeren Meßgerät mißt, dann miß Du die Spannung die durch Leckströme gegeben ist. Schalte mal einen großen Widerstand (zB 100kOhm) zwischen den Pins auf Masse und miß die Spannung. Du wirst sehen sie wird 0V sein.

an pin 21 und 21 liegen immer knapp 5V an.

Du meinst 20 und 21. Da dran ist die I2C Schnittstelle und darum mit einer anderen Doppelfunktion (und darum interne Elektronik) als die anderen Pins. Dies kann ruhig dazu führen daß die Leckströme die Pins auf 5V ziehen und nicht auf 0,35V wie die anderen Pins.

Generell ist zu, sagen daß Digitale Multimeter mit ihrem hohen Eingangswiderstand zwar die zu messende Schaltung nicht belasten und dadurch stören, aber dadurch können Spannungen gemessen werden, die durch kleine Leckströme ( nicht 100%-es Sperren von MOSFET-Transistoren) an den Eingangsimpedanzen erzeugt werden. Wenn Du mit einem Drehspulmeßgerät mißt, dann mißt Du in diesen Fällen nichts weil dies eine kleineren Innenwiderstand haben.
Nicht umsonst habe ich in der Schule 2 Jahre lang Meßtechnik als Fach gehabt mit 4 Stunden in der Woche. Richtig messen ist eine Kunst und noch schwieriger ist es, alle (möglichen) Fehlerquellen zu erkennen und zu beseitigen bzw sich bewußt zu sein "wieviel" man falsch mißt.

habe seit heute ein arduino mega 2560 r3.
gleich beim ersten anstecken und bare minimum sketch aufspielen ist mir aufgefallen, dass die led an pin 13 dauerhaft leuchtet...

Das kann ich mir nicht erklären. Mit dem http://arduino.cc/en/Tutorial/blink sketch müßte das LED mit 0,1 Hz blinken ( 1s an und 1s aus) War das Led an pin 13 auch dauerhaft an bevor Du den ersten Sketch hinaufgeladen hast? Bist Du sicher daß Du nicht die Pin L mit PWR verwechselst?

grüße Uwe