Facciamo il punto delle "certezze":
- hai un PCB già fatto per cui non puoi modificare le piste
- hai necessità di un PWM sul pin 2 diverso da quello che il timer 3 ti genera
Allora ho una buona notizia per te 
Un pin genera un segnale PWM corrispondente alle impostazioni del timer solo se lo agganci al timer stesso. Se lo lasci sganciato, è un pin normale e lo puoi usare per generare un segnale PWM usando la tecnica bit-banging via SW che ti ho illustrato io.
Quindi, se tu piloti il pin 2 via SW senza agganciare il pin al timer usando l'analogWrite, puoi generare sul pin 2 un segnale PWM con una frequenza differente (solo minore, ovviamente) rispetto a quella generata sugli altri 2 pin agganciati al timer
Che ne dici? 