Hola, las vinciDuinos normalmente vienen programadas con el bootloader de Arduino. Por lo tanto para usarla hay que usar el IDE de Arduino que usa avrdude.
Para usar FLIP, tendrías que programarle el bootloader de Atmel otra vez. Lo que no recuerdo es de donde te lo puedes bajar. Es lógico que no funcione con el entorno de Atmel.