Dove iniziare per programmare SAM3U

lesto:
La attachinterrupt lavora usando un gestore interruppe apposito che è solo su due Pin.

No, la attachinterrupt ti permette solo di collegare gli interrupt esterni, non usa nessun gestore "speciale", perché tutti gli altri interrupt sono normalmente gestiti dal "sistema operativo" di Arduino e non ti serve toccarli.
Ovviamente nulla vieta di scavalcare la gestione fatta da Arduino e ridefinire le ISR degli interrupt interni, però è una operazione da farsi solo se si hanno ben chiare le idee su come funzionano gli interrupt e come vanno gestiti.