Potresti usare due semplici bastoncini in ottone od acciaio inox uno più corto dell'altro di 1 cm.
Quello più lungo "pesca" nel fondo del sottovaso ed è collegato a massa, mentre quello più corto di "livello" è collegato ad un ingresso digitale di Arduino con pinmode INPUT_PULLUP.
Quando il livello dell'acqua è basso il circuito risulta aperto ed il segnale è HIGH, mentre quando il livello dell'acqua è alto il circuito è chiuso ed il segnale è LOW.