Hola,
Arduino se puede comunicar con cualquier programa que abra el puerto serie en tu ordenador. Asi que no hace falta utilizar nada que utilice perfiles de USB que no sean el puerto serie.
Nosotros desde Arduino, al igual que la gente de Processing.org empleamos RXTX que es una libreria libre para comunicar por el puerto serie. No tiene mayores problemas que, al ser Java, no consigue comunicar a gran velocidad.
Por otra parte, puedes utilizar la libreria Javacomm que tambien abre el puerto serie y desde ahi lanzar y recibir datos.
Si lo que quieres hacer es reprogramar Arduino desde Java, eso es lo que hace nuestro IDE, para que hacerse uno nuevo? Si lo que quieres es tener una placa preprogramada con un software y desde tus propias aplicaciones Java comunicar con la placa para controlar motores o leer sensores, entonces la pregunta queda respondida un poco mas arriba.
Finalmente, me disculpo por haber estado ausente, a ver si ahora se resuelven preguntas no tan basicas 
Un abrazo,
/d