Eine vollwertige Simulation gibt es wahrscheinlich nicht. Wäre aber schön. 
Was geht ist den Arduino über den PC fernzusteuern:
http://www.firmata.org/wiki/Main_Page
Aber das ist was anderes. Du kannst damit dann dein Program in anderen Programmiersprache schreiben. Zumindest solange du nur einfache Standardfunktionen verwendest.