Salut,
Avec une interface ethernet tu n'auras pas de problème à passer des variables, il y a plusieurs librairie dédiés à la gestion de ce type de connexion.
Pour la sortie TX : Serial.print() 
Oui tu peux mettre une alim 12V, la carte gère d'elle même la gestion de l'énergie et utilise si elle le peux l'alimentation externe, donc dans ton cas le 12V qui sera régulé en 5V.
Pour commander de la puissance, tu as plusieurs solutions à adapter selon tes besoins : transistor, AOP, relais mécanique, relais statiques ... Dans tous les montages que tu fais garde bien à l'esprit que tu ne dois pas dépasser 40mA par sortie et 200mA au total sur le µC au risque d'endommager ton atmega. Pour les moteurs pas à pas c'est obligatoire (plusieurs centaines de mA et charge inductive donc très forte tension à la coupure). Je te conseille de regarder sur ebay, pour quelques euros tu as des interfaces toutes prêtes, il n'y a qu'à commander des signaux en digital.