Du hast es richtig verstanden aber es wurde falsch gesagt.
Du kannst einen ATmega auf einem Arduino mit dem Sketch bespielen wenn der Atmega einen Bootloader drauf hat.
Du kannst einen Arduino UNO als ISP-Programmierer benutzen:
Hier nochmal Schritt für Schritt:
So kannst Du auch einen bereits verbauten ATMega bespielen. Du brauchst den Arduino ISP nur an die richtigen Pins des Selbstbauarduinos anschließen.
Den Sketch kannst Du über ISP übertragen oder mit aufgespielten Bootloader über einen USB-Seriel Adapter. Zur Not tuts auch ein Arduino UNO mit ausgebauten ATmega.
ICs bekommt man heil aus dem Sockel wenn man mit einem Schraubenzieher abwechselnd vorsichtig an beiden Füßchenlosen Seiten heraushebelt. http://wiki.freesol.de/images/thumb/c/c8/Chipauswechslung.png/160px-Chipauswechslung.png
Es gibt auch Spezialwerkzeuge dafür, diese sind aber teuer.
Grüße Uwe