bricofoy:
Du coup je me suis dit il y a peut-être une perturbation de l'entrée e_run qui me fait détecter un calage, alors j'ai rajouté une tempo sur cette détection de calage, ce qui n'a rien changé.
...
Sur la suggestion de barbudor, suis en train de re-dessiner une nouvelle carte en utilisant directement un atmega328 en boitier DIL, comme ça déjà je vais éliminer les soucis d'alimentation liés aux deux régulateurs en cascade, et le soucis de liaison série qui se perds, vu que j'utilisera alors un convertisseur USB/TTL externe.
Je crois que tant que ça n'est pas fait, il sera difficile de comprendre ce qui se passe, vu que je n'ai de toutes façons plus le matériel sous la main pour faire des essais.
bonjour bricofoy
reprendre une conception que l'on pensait bien aboutie , même si c'est "intellectuellement" difficile 
est souvent une bonne façon de reposer calmement les problemes et leurs resolutions, la suggestion de Barbudor dés lors que tu dispose de cette possibilité (intellectuelle et "matos dispo" est une excellente chose.
pour simple reflexion :
ce que tu appelle info de "calage diesel" est une info secondaire dérivée mécaniquement mais pas primaire ?
tu ne "lis" pas la rotation de l'accouplement, mais tu déduis que la rotation existe (moteur en etat "non calé" )parce que l'alternateur delivre "qq chose" ?