Da du nur Schnipsel postest, liegt die Vermutung nah, dass das Problem in dem Teil ist, der fehlt 
--> Sicher, dass alle Zeichen in deinem inputChar array sind ?
da die Werte vom Pult zum PC immer genau alle 200ms gesendet wurden (Timer im VB Programm.) Ich vermute mal dass sich aufgrund der nicht synchronisierten Intervalle der Puffer füllte.
Um dieses Problem zu umgehen, wollte ich die Kommunikation nun in beide Richtungen vom Timer bestimmt ablaufen lassen. Dazu habe ich die Werte von der TCP Verbindung als Variablen gespeichert, um sie dann wenn sie gebraucht werden, zu übertragen. Nun allerdings kann ich zwar Daten vom Arduino zum PC übertragen, das auch stabil, jedoch funktioniert die Übertragung in die andere Richtung nicht mehr - die Routine zur Verbindungsherstellung ist jedoch in beide Richtungen dieselbe.
So ganz klar ist mir die Problembeschreibung allerdings nicht:
Was meinst du mit "Verbindung herstellen" ?
Serial.Open in VB ?
Oder dass genau dieses If erfüllt ist ?
If Serial.ReadLine() = "ready" & System.Text.Encoding.UTF8.GetString({13}) Then
println()
Description
Prints data to the serial port as human-readable ASCII text followed by a carriage return character (ASCII 13, or '\r') and a newline character (ASCII 10, or '\n'). This command takes the same forms as Serial.print().
Holst du auch das '\n' 10 ab ?
Warum hast du keinen Fehlerhinweis im Else zu diesem If ?
Ganz generell:
Deinen Verdacht auf Pufferüberlauf mit einem starren Timer anzugehen verstehe ich übrigens nicht.
Bei so schönen Dialogen zwischen den zweien ...
Ich versteh das so, dass der PC in beiden Richtungen als Master fungiert, und entweder Werte sendet oder eine Antwort haben will.
Wie synchronisieren sie sich eigentlich, wenn das Ganze ausser Tritt geraten ist ?
Hast du auch einen Test-Modus, der nicht alle 200ms was rausballert, und statt dessen auf dem PC anzeigt, was gesendet wurde und was empfangen wurde ?