Problème résolu.
Pour activer l'auto-reset, il faut passer la pin DTR de l'arduino de 5v à 0v.
Sur mon arrivé rs232, seule la pin 1 (Data Carrier Detect) est de base à 5v, puis passe à 0v à l'appel d'avrdude.
J'ai donc relié la pin 1 (DCD) de mon cable rs232 à la pin 4 (DTR) de mon module rs232/ttl.
Puis sur le module, j'ai fais le pont pour relier la pin 4 (DTR) à la pin R2IN de la puce max232.
Et enfin je relie la pin 9 (R2out) à la pin DTR de l'arduino.
Et la tout de suite, ca marche mieux :).